,降落在现在第三新东京市的地点。
蕴藏在黑之月里的,是生命之树的同类宇宙生物,却拥有着完全不同的进化方向,被称为智慧之树,而它也诞生了自己的第一颗拥有灵魂的果实——莉莉丝。
莉莉丝和亚当是同源,但有着完全不同的进化道路,亚当走的是纯粹的基因进化路线,只有生存能力最强的基因,才是他的发展方向。而莉莉丝走的,则是智慧进化路线,通过积累庞大的知识,来增加生存的能力。所以,她的本体力量远远不如亚当。
一山不容二虎,莉莉丝和亚当意外碰面,立即在地球上展开了争夺生存空间的殊死对抗,最后两败俱伤。当时亚当培养的恐龙族群彻底灭绝,亚当陷入沉睡,而黑之月则被巨大的力量蒸发,留下了第三新东京市地下的球形空洞(后来人们发现它之后,将其中大部分填埋,才形成了地下基地)。
在这场战斗中,莉莉丝也失去了行动能力,却没有沉睡,依旧保持着智慧。她发现智慧之树和生命树都遭到了毁灭性的毁坏,今后谁也无法单独再次进化了,只有将两树互相融合,才有机会再次飞向宇宙。
为了寻求再生,莉莉丝经过数千万年的修养和孕育,终于在大约三百万年前凝聚出了足够的力量,驱动智慧之树向整个地球散步了自己的种子。由于进化方向不同,智慧之树孕育的不是生命之树那样完整的生物种子,而是能够改变生物脑部构造的因子。这些因子和当时的古猿猴结合,扭转了它们的进化方向,生成了有智慧的生物,也就是后来的人类。
莉莉丝通过增强人类的智力,令他们打破了亚当遵循的"物竞天择适者生存"的进化原则,贯彻了自己坚持的“智者生存”的概念,通过对工具的运用,获得了远胜于亚当制造的生命的竞争能力,并最终统治了地球。
散播智慧,令莉莉丝也失去了全部能量,陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人类,则偶尔能从基因记忆里,得到一点点莉莉丝遗留的指点。
这种指点的出现间隔,往往是以千年为单位计算的,隐晦的基因记忆,形成了古老的宗教,并不断在巫师、祭祀和僧侣的冥想祈祷中,被发掘、拼凑、整理出来,形成个各种散碎的神话传说。
比如,智慧树和生命树,被传说成了伊甸园的双树,而亚当和莉莉丝,则成了最早的人类始祖。莉莉丝关于盗用亚当身体,制造新战斗个体的计划,被扭曲成了夏娃的诞生神话。
直到二十世纪末,人类终于找到了第三新东京市地下的大空洞,并且在那里挖掘到了莉莉丝的本体,才彻底揭开了自身的存在之谜。
人类明白了自己并非自然进化产物,也知道一旦亚当醒来,必定彻底清除人类,更确定莉莉丝已经
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